Qualche giorno fa sono rientrato in contatto con i collaboratori di Bupadest, quelli a cui abbiamo spedito i campioni di RNA per le misure sul trascrittoma delle cellule TK6, per l’esperimento Silenzio Cosmico, quello a cui partecipo dal 2006. Lo scorso Venerdi erano pronti i risultati delle misure dei microarray e la ricercatrice, Katalin, mi ha chiesto come avrei gradito il file .txt di 23.7Mbytes. Appena un po’ grandicello, ma non poi tanto, ho pensato. Ci siamo così ritrovati Lunedi per un file transfer via Skype. Ebbene, 23.7 Mbytes erano, ma non una volta, bensì 24 volte, ciascuna per ogni campione sottoposto alla misura. Circa mezzo Gigabyte di dati in formato .txt. Certo, lo LHC di Ginevra ne produce parecchio di più, ma confesso di non avere mai avuto a che fare con una simile mole di dati. Per questo la bioinformatica viene in aiuto, per dare un senso a questa roba qui…
CTTTTAAATAGTCTTCATTGCCAATTTGTTCTTGTAGCAAATGGAACAATGTGGTATGGC 446 0 A_23_P17490 C20orf30 NM_001009924 Homo sapiens chromosome 20 open reading frame 30 (C20orf30), transcript variant 2, mRNA [NM_001009924] 10668.4 316.973 0 1 6.998105e+003 6.998318e+002 0 0 63 6.192349e+003 5988 1.061023e+003 1.201647e+003 29 2.610345e+001 26 4.394354e+000 3.706500e+000 0 0 0 0 0 0 0 0 6132.99 613.318 1 0 1 1 59.3565 4.39435 1 0 59.3565 48.5334 48.5334 6175.33 0.876379 26.1034 4.39435 0 6136.92 0 0 DATA 545 7 35 ref|NM_024519|gb|AB067517|gb|AK127792|ens|ENST00000042381 chr16:66133758-66133817 0 0
…che e’ giusto un pezzetto piccolo, a proposito di un gene che si trova sul cromosoma 20 e che codifica per l’ipotetica proteina LOC29058 isoforma 2. Appena avrò capito che significa tutta quella roba ve lo racconto! Per ora non posso che inchinarmi di fronte alla grandiosità delle tecniche della biologia moderna. Dunque torno a fare l’informatico, per un po’. Gente strana, i programmatori-informatici. Un mio amico Russo mi raccontò questa barzelletta.
Un programmatore, alla sera, prima di andare a letto, metterà sempre sul comodino due bicchieri: uno pieno d’acqua, l’altro vuoto. Se di notte si sveglierà ed avrà sete, berrà dal bicchiere pieno. Se non avrà sete, berrà dal bicchiere vuoto.
