Sono ancora rapito dallo studio di R e l’ambiente di bioinformatica Bionconductor per l’analisi dei dati di microarray, dovendo sottomettere un report al mio capo domani, Lunedi pomeriggio. Qualche giorno fa ho scelto di fare un passo indietro, studiando in profondità il manuale del linguaggio base con numerosi esempi, perché la sintassi mi era un po’ ostile e procedevo a tentativi. Così, dopo un breve rallentamento, sono arrivato ad un punto di svolta importante: finalmente posso pormi domande di carattere biologico, quelle domande che si pongono anche i miei colleghi di lavoro, che mi hanno veduto immergermi in questo linguaggio si sono chiesti: ‘ma Massimo che starà combinando? (da quasi tre mesi)’. Adesso, dunque, si comincia a chiedersi che cosa è accaduto a quelle cellule come conseguenza di quel trattamento. La risposta, tuttavia, è ben altro che immediata. Supponendo di avere posto la domanda in modo appropriato (e da quanto ho letto sul mio nuovo libro, questo non è un punto banale), il risultato di cui si è investiti è una lista di geni la cui espressione appare fortemente regolata dal trattamento effettuato sulle cellule, le famiglie funzionali a cui tali geni appartengono (ontologia) ed i pathways molecolari in cui è noto che essi siano coinvolti.
Andiamo avanti. Che mondo incredibile che è questo della post-genomica.
